Ve středověku byly Filipíny rozdrobené na řadu drobných knížectví, v jejichž čele stáli rádžové (vesničtí předáci se nazývalidato). V 15. století se zde začal hlavně z Bruneje šířit islám  především na Suluské ostrovy a ostrov Mindanao.

Španělská nadvláda

V roce 1521 při své cestě kolem světa objevil ostrovy Fernão de Magalhães. V roce 1565 se staly španělskou kolonií Španělská Východní Indie (spolu s Marianami a Karolínami). Ve 2. polovině 19. století zesilovaly snahy místních obyvatel o získání nezávislosti. První povstání v roce 1872 bylo neúspěšné. Národním hrdinou, který je symbolem odboje proti Španělům byl lékař a básník, dr. José Rizal.

Americká nadvláda

Po španělsko-americké válce v roce 1901 se Filipíny staly kolonií Spojených států amerických. V roce 1916 byla Filipínám udělena tzv. omezená autonomie. Roku 1934 byl domluven desetiletý přechodný stav během něhož se měly Filipíny připravit na nezávislost a byl jim udělen statut dominia (Philippine Commonwealth, statut podobný dnešnímu Portoriku) které ale přerušilaválka. Na jejím počátku byly Filipíny obsazeny Japonci, kteří zde zřídili loutkový stát. V roce 1944 zahájili Američanéznovudobývání Filipín.

Nezávislost

Roku 1946 získala země nezávislost. V letech 1966–1986 zde diktátorsky vládl prezident Ferdinand Marcos podporovaný Spojenými státy. Po jeho svržení jsou voleni prezidenti, kteří jsou hlavou státu. Ze 14 prezidentů byly 2 ženy (Corazon Aquinová a Gloria Macapagal-Arroyová).